Kehadiran STIK Annuqayah pada awalnya didorong oleh keinginan luhur pengurus Yayasan Annuqayah di mana dengan melihat perkembangan santri Annuqayah tahun demi tahun yang semakin bertambah, dan memperhatikan alumni Sekolah/Madrasah tingkat Menengah Atas (MA 1 Annuqayah, MA 2 Annuqayah, SMA 1, SMA 2 dan SMA 3 Annuqayah) yang berminat melanjutkan studi ke jenjang pendidikan tinggi terutama ke STAIN/IAIN/UIN, maka dari hasil kerja panitia yang dibentuk oleh dewan pengurus Yayasan Annuqayah, didirikanlah Perguruan Tinggi Islam Anuqayah dengan nama PTIA berdasarkan SK. Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor : I.b./B/ KPTS/1984 dengan fakultas pertama yang dipilih adalah Fakultas Syari’ah Jurusan Tafsir Hadits (TH), karena dianggap lebih sesuai dengan kajian-kajian yang diberikan di pondok pesantren, dengan mahasiswa angkatan pertama 43 orang.
Sejalan dengan peraturan yang berlaku, PTIA yang dibuka resmi pada tanggal 13 Oktober 1984, pada tanggal 1 Januari 1986 dirubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah Annuqayah (STISA), karena masih belum memenuhi syarat untuk menjadi sebuah perguruan tinggi. Perkembangan berikutnya, setelah dilakukan supervisi oleh Kopertais Wilayah IV Surabaya status Idzin OperasionalSTISA baru diperoleh pada tanggal 20 Maret 1986 dengan surat nomor : 79/K/F/I/P/1986.
Berdasarkan masukan dan permintaan serta memperhatikan minat alumni Madrasah Aliyah Annuqayah yang beragam, dengan satu jurusan saja belum cukup menampung minat yang beragam tersebut, maka melalui SK Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor: 6/B/KPTS/YAN/1986, didirikanlah Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Annuqayah (STITA) Jurusan Pendidikan Agama Islam, yang dibuka secara resmi pada tanggai 5 September 1986, dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama 51 orang.
STITA memperoleh Idzin Opersional pada tanggai 1 Juli 1987, dan status Terdaftar diperoleh pada tanggai 9 Agustus 1990 dengan SK Menteri Agama RI. No. 160 tahun 1990. Sekalipun Annuqayah memiliki dua perguruan tinggi pada tahun 1986, tetapi baru pada tahun akademik 1991/1992 santri putri turut serta mengikuti program studi di Perguruan Tinggi Annuqayah dengan mahasiswa angkatan pertama 23 orang yang diterima di STITA. Dengan menyesuaikan diri pada beberapa petunjuk dari Kopertais Wilayah IV Surabaya, STISA telah mengalami beberapa perubahan jurusan, dari semula jurusan Tafsir Hadits (TH), menjadi Mu’amalat Jinayat (MJ), dan kini menjadi jurusan Mu’amalat. Sedangkan STITA sejak semula berdiri hingga saat ini tetap dengan jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI).
Memperhatikan surat dari Kopertais Wilayah IV Surabaya, nomor: 1249/PP.03.2/KOP-TV/96, tentang perubahan PTAIS, maka pada tanggai 24 Agustus 1996 Yayasan Annuqayah beserta Pimpinan STISA dan STITA menindak-lanjuti dengan terbitnya Surat Keputusan Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor: 59/ST.01/C/IX/1996, tentang penyatuan STISA dan STTTA menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah (STIKA), serta penentuan jurusannya yakni Jurusan Mu’amalat (M) dan Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI).
Setahap demi setahap melalui proses, penataan, dan pembinaan kelembagaan yang turus dilakukan secara intensif, baik sari segi peningkatan mutu, kelengkapan administrasi, fasilitas, sarana dan prasarana, maupun dari peningkatan jumlah tenaga edukatif, ditambah dengan semakin meningkatnya jumlah mahasiswa setiap tahun, akhirnya STIKA dapat memperoleh peningkatan status dari Terdaftar menjadi Diakui pada tanggal 8 Desember 1998 dengan SK. Dirjen Bimbaga Islam Nomor: E/387/1998, dan status Terakreditasi (Disamakan) dengan peringkat Nilai “A” pada tanggal 7 Juli 2000 berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 014/BAN-PT/Ak-IV/VI/2000 untuk Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI), dan berdasarkan SK BAN-PT. Nomor: 0008/BAN-PT/Ak-IV/VI/2000 pada tanggal 16 Juni 2000 untuk jurusan Muamalat
Dalam perkembangan berikutnya, atas dasar masukan dan dengan mempertimbangkan pada aspek kelayakan in-put, maka pada tahun akademik 2001/2002 STIK Annuqayah membuka satu lagi jurusan yakni Tafsir-Hadits, serta menambah/membuka program Diploma II PGMI/PGSDI dan Diploma II PGTK sebagai pengembangan program studi Pendidikan Agama Islam, dengan status proses Akreditasi.
Akhirnya, berdasarkan keputusan Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 017/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008 tentang status, peringkat dan hasil akreditasi Program Sarjana di Perguruan Tinggi tertanggal 9 Agustus 2008, Program Studi Muamalat (M) STIKA terlah“Terakreditasi” dengan nilai 344 Peringkat “B”. Setelah itu, berdasarkan keputusan Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 018/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008 tentang status, peringkat dan hasil akreditasi Program Sarjana di Perguruan Tinggi tertanggal 14 Agustus 2008, Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) STIKA telah “Terakreditasi” dengan nilai 364 Peringkat “A”. Disusul kemudian, Program Studi Tafsir Hadits (TH) dengan nilai 311 Peringkat “B”.
Seiring dengan tuntutan perkembangan pendidikan tinggi dan harapan stake holders terhadap keberadaan STIKA agar supaya meningkatkan diri dan tidak hanya menyediakan program studi yang telah ada sekarang, maka dengan memperhatikan market signal dan visi pengetahuan yang berorientasi global, dibentuklah sebuah Tim oleh Ketua STIKA dengan SK Nomor: 189/A.04/KP/II/2010, untuk mengajukan perubahan alih status dari Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah (STIKA) menjadi Institut Ilmu Keislaman Annuqayah (INSTIKA) dengan rencana membuka 3 (tiga) Fakultas dengan masing-masing 2 (dua) Program Studi (Prodi).
Akhirnya, harapan dan keinginan masyarakat terjawab, sebab usaha Tim tersebut membuahkan hasil, karena usul pengajuan Alih Status dari STIKA menjadi INSTIKA diterima oleh Kementerian Agama RI melalui Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor; Dj.I/675/2010 tentang Persetujuan Alih Status Perguruan Tinggi Agama Islam Tahun 2010, tertanggal 6 Oktober 2010. Sejak itulah STIKA berubah status menjadi INSTIKA dan telah diadakan peresmian secara formal oleh Kopertais Wilayah IV Surabaya pada tanggal 7 Desember 2010.